1.传染病和害虫。粪便中含有大肠杆菌和线虫等害虫，导致病虫害和农作物病害的传播，也影响食用农产品的人体健康。未成熟的有机物在土壤中发酵时，容易滋生病菌和害虫，这也导致植物病虫害的发生。

2.发酵和燃烧幼苗。将未发酵的生粪肥施入土壤后，当发酵条件满足时，生粪肥开始发酵。如果发酵地点靠近根部且作物植株较小，发酵产生的热量会影响作物生长，甚至导致植物死亡。

3.有毒气体的危害。分解过程中会产生甲烷、氨和其他有害气体，对土壤和作物造成酸损害和根部损害。

4.土壤缺氧。有机物在分解过程中会消耗土壤中的氧气，使土壤暂时处于缺氧状态，从而抑制作物的生长。

5.肥料利用率低。未发酵和分解的有机肥中的养分大多是有机的或缓效的，不能被作物直接吸收和利用，只有分解转化才能被作物吸收和利用。因此，不经发酵直接施用降低了肥料效率。

6.环境污染。农场使用直接施用来消耗粪便，粪便也可以在作物施肥的高峰期处理掉；在施肥的淡季，粪便无人照管，因此不得不堆积起来，肥料的效率就丧失了，这就污染了环境和地下水资源。

7.使用不方便，效率低。未经处理的粪便难以运输，体积大，有效成分低，使用成本高。有机质长期转化为腐殖质，养分流失严重。